Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto, pada awal berdiri di tahun 2000 bernama Unit Studi Gender (USG) Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto. Ketua USG saat itu adalah Prof. Dr. Moh. Roqib, M.Ag. yang menjabat dari tahun 2000 sampai 2002. Kegiatan yang pertama kali dilakukan adalah sosialisasi kelembagaan USG dan diskusi kajian Islam dan Gender.
Pada periode kepengurusan 2002 hingga 2006, USG berubah nama menjadi Pusat Studi Gender (PSG) dengan kepemimpinan dipegang oleh Dr. Naqiyah, M.Ag. sebagai ketua PSG. Program kerja yang dijalankan pada periode ini antara lain adalah pelatihan analisis gender bagi dosen dan mahasiswa, sosialisasi pengarusutamaan gender, menjalin kerjasama dengan Pemerintah Kabupaten Banyumas, CIDA Canada, dan penerbitan Jurnal Yinyang: Studi Islam dan Gender.
Periode 2006 hingga 2010, PSG berubah nama menjadi Pusat Studi Gender dan Anak (PSGA) dengan ketuanya dipegang oleh Dr. Khusnul Khotimah, M.Ag. Mulai periode ini PSGA secara struktural berada di bawah koordinasi Pusat Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat (P3M) STAIN Purwokerto. Kegiatan PSGA difokuskan pada pengarusutaan gender di bidang Tridharma Perguruan Tinggi (bidang pengajaran, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat), peningkatan kapasitas dosen, workshop analisis gender, seminar, dan penyusunan kurikulum berperspektif gender.
Periode berikutnya, 2010 sampai 2013, Ketua PSGA dijabat oleh Ida Novianti, M.Ag. dengan kegiatan berupa Workshop Kesehatan Reproduksi, dan pelatihan analisis gender. Adapun periode 2013 hingga 2015, Ketua PSGA dijabat oleh Durotun Nafisah, M.S.I. Di tahun 2015, STAIN Purwokerto berubah status menjadi Insitut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto. Pada periode 2015 hingga 2018, Ketua PSGA IAIN Purwokerto dipegang oleh Dr. Sumiyarti, M.Ag., dan periode beriktunya, 2018 sampai 2019, ketua PSGA dipegang oleh Uus Uswatusolihah, M.A.
Periode 2019-2023, Ketua PSGA dipegang oleh Dr. Vivi Ariyanti, S.H., M.Hum. Di tahun 2020, IAIN Purwokerto berubah status menjadi UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto. Dalam rangka meningkatkan pelayanan dan kegiatannya, PSGA melaksanakan penyesuaian institusional dan progam. Pada periode ini, kegiatan rutin yang dilaksanakan berupa workshop penelitian berperspektif gender bagi dosen dan mahasiswa, pelatihan penyusunan kurikulum berperspektif gender, program dialog isu-isu perempuan dan anak di RRI dan Banyumas-TV. Selain itu, pengadaan ruang laktasi dan kamar mandi ramah perempuan mulai digalakkan. PSGA juga membuka Unit Layanan Terpadu (ULT) Pencegahan dan Penanganan Kekerasan Seksual di UIN Prof. K.H. Saifuddin Zuhri.