Awalnya kegiatan Penelitian dan Pengabdian Masyarakat dilaksanakan oleh P3M (Pusat Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat) yang ada di STAIN Purwokerto, keberadaannya sejak tahun 1997. Pada waktu itu, pusat penelitian yang ada hanya melaksanakan kegiatan penelitian yang dilakukan oleh dosen dan bersifat multi disiplin ilmu. Dengan berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi serta perkembangan organisasi di STAIN Purwokerto, maka pada tahun 2014 seiring dengan perubahan status dari STAIN Purwokerto menjadi IAIN Purwokerto berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 139 Tahun 2014 tentang Perubahan STAIN Purwokerto menjadi IAIN Purwokerto dan berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Purwokerto maka P3M berubah nama menjadi LPPM (Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat) dengan memiliki 3 Pusat yaitu:
Pusat Penelitian dan Penerbitan
Pusat Pengabdian Masyarakat
Pusat Studi Gender dan Anak
Dengan Perubahan status kelembagaan tersebut mengubah paradigma fungsi LPPM semakin optimal dalam mendukung IAIN Purwokerto untuk mencapai Visinya yaitu Excellent, Islamic dan Civilized, kebijakan arah pengembangan, dan program kerja serta tidak hanya sekedar melaksanakan fungsi utamanya, tetapi harus terus berupaya melakukan berbagai inovasi penelitian dan pengabdian dalam rangka mendukung upaya IAIN Purwokerto menuju Word Class University.
